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ゲイ遺伝子の死亡宣告 3,Ramagopalan(2010)らの論文 

ゲイ遺伝子の死亡宣告 3,Ramagopalan(2010)らの論文


ゲイ遺伝子の死亡宣告 1,ゲイ遺伝子はどこへ行ったのか?
http://morisitaazami.blog.fc2.com/blog-entry-73.html
ゲイ遺伝子の死亡宣告 2,男性同性愛のゲノムワイド関連解析(GWAS):どこにもない。
http://morisitaazami.blog.fc2.com/blog-entry-74.html


ゲイ遺伝子の死亡宣告 3


1)A genome-wide scan of male sexual orientation.
Ramagopalan SV, Dyment DA, Handunnetthi L, Rice GP, Ebers GC.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20057505   2010


2)A genomewide scan of male sexual orientation.
Mustanski BS, Dupree MG, Nievergelt CM, Bocklandt S, Schork NJ, Hamer DH.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15645181  2005
http://www.springerlink.com/content/3xcxqtb6x36aaap1/   フル論文へのリンク


1)の論文はゲイ遺伝子の心臓に木のくいを打って,棺桶に入れて,蓋をして釘を打ったような論文です。しかしながら,フル論文でなく手紙の形で発表された僅か2ページの論文で,要約もありません。
しかし,ネイチャーの姉妹誌であるJournal of human geneticsという格式高い雑誌に載っています。


1)の論文の翻訳(直訳ではない)
男性の性的指向のゲノムワイド関連解析(GWAS)


遺伝疫学的研究によれば,男性同性愛には幾つかの遺伝的要素がある証拠が得られています。Mustanskiらは,最初の男性同性愛のGWASを403のマイクロサテライトマーカー*を用いて施行しました。
Mustanskiらの発見した最高のLOD値(multipoint logarithm of the odds)は,3.45で染色体7q36上のマイクロサテライトD7S798近傍にあり,母方と父方の両方に等しい寄与率*がありました。
全ての複雑な形質の研究と同じく,この研究についても,確認されなければなりません。


SNPを基礎にする関連分析スキャンは有意にマイクロサテライトマーカーよりゲノムのカバーが広範囲で,得られる情報量も多いです;それゆえ私たちはこの技術を用いてカナダの同性愛男性のコホート研究を行いました。


カナダの白人家族総数55組で,2人か複数の同性愛男性の兄弟がいる家族を研究しました,それは以前の研究でも使われました*。DNAサンプルは濃度で正規化され,ラベルとハイブリダイゼーションをイルミナHumanLinkage12アレイで行いました,それは約6000のウェルで分けられたSNPが配置され,SNPは比較的均等にヒトゲノムに分布していました。
アレイのマーカーで低いレベルの連鎖不均衡を呈し,従って最初のゲノムワイドスクリーンに適していました。ゲノムタイピングは,BeadStudio(イルミナ)を使い,112人の人について得ました。
家系図はPedstatsによって確かめられ,データセットから,ありえそうもないSNPデータポイントを後の解析より除外しました。
ノンパラメトリック検定で関連分析が行われ,それはMERLINソフトウェアを用いました。


GWASの結果が図1に表されています。


最高のLOD値は2.86で染色体14のSNP rs760335で得られました(93.8cM(センチモルガン),93884697の位置;ゲノム構成36でした)。付近のSNP位置はrs733559(96.8cM;92809308,LOD=2.08)と,rs742893(99.7cM;94222866,LOD=1.74)でした。
マーカー対マーカー連鎖不均衡関連モデルでこのデータセットは(r**2<0.1)有意なLOD値の変更を見せなかった,それは次の位置で得られました(rs760335,最大LOD=2.47)。


しかしながら,私たちがMERLINで作られた家系ゲノムタイピングで1000のシュミレーションしたデータを分析すると,LOD値≫2.47が1000のシュミレーションの内256に見られ,経験的P値が私たちの関連ピーク0.256に得られました。結局7q32近傍や上には関連の証拠はありませんでした(LOD=-0.2)


結局,まとめると,私たちは,Mustanski らが発見した,7q32への関連は見いだせませんでした,また得られたLOD値は,ゲノムワイドで有意な水準にはなっていませんでした,GWASでの有意水準についてはLanderらが発表しています,男性同性愛の遺伝子が本当に存在するとしても,その遺伝子の効果を見つけられませんでした。


2つの研究の差は,対象とした男性同性愛の遺伝子や集団の多様性かもしれません,しかし男性同性愛に関わる遺伝子はより控えめな効果しか起こさず関連分析で検出が難しいと考える方がありそうです。
寄り強力な遺伝的研究が,関連する遺伝子を見つけるのに必要でしょう。
男性同性愛でparent-of-origin効果が記載されているので,エピジェネティックス*に配慮した研究も強く求められます。


*マイクロサテライトマーカー
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%9E%E3%82%A4%E3%82%AF%E3%83%AD%E3%82%B5%E3%83%86%E3%83%A9%E3%82%A4%E3%83%88


*LOD
http://www.jst.go.jp/kisoken/crest/report/sh_heisei15/tailor/arinami.pdf


*母方と父方の両方に等しい寄与率
Xq28で代表されるように,初期の男性同性愛の遺伝です母方の遺伝が示唆された。父と母で等しい寄与率だと,それを否定する事になります。


*Rice G, Anderson C, Risch N, Ebers G.(1999)
Male homosexuality: absence of linkage to microsatellite markers at Xq28.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10213693


*parent-of-origin効果
http://lifesciencedb.jp/dbsearch/Literature/get_pne_cgpdf.php?year=1999&number=4413&file=iiNp2UTxpvn5BC3na8GuiA==


*エピジェネティクス
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%A8%E3%83%94%E3%82%B8%E3%82%A7%E3%83%8D%E3%83%86%E3%82%A3%E3%82%AF%E3%82%B9


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